Datenbanken

Entrez Gene

Entrez Gene ist eine vom National Center for Biotechnology Information (NCBI) betriebene Metasuchmaschine, die den gleichzeitigen Zugriff auf mehrere Biochemie-Datenbanken und damit weitgefächerte Suchen ermöglicht. Weiter bietet sie eine ganze Reihe von Tools zur Datenanalyse und für spezielle Suchoperationen.

Gene Ontology

Gene Ontology (GO) ist eine internationale Bioinformatik-Initiative zur Vereinheitlichung eines Teils des Vokabulars der Biowissenschaften. Resultat ist die gleichnamige Ontologie-Datenbank, die inzwischen weltweit von vielen biologischen Datenbanken verwendet und ständig weiterentwickelt wird.

Die an GO teilnehmenden Institutionen sind in der Mehrzahl US-amerikanisch und werden von den Regierungen und einem Unternehmen (AstraZeneca) unterstützt. GO ist primär in Englisch und spezies-neutral gehalten und steht zur freien Verfügung. Sie ist Teil eines größeren Projekts, der Open Biomedical Ontologies.

Gene Ontology Resource

PubMed

PubMed ist eine englischsprachige textbasierte Meta-Datenbank mit Referenzen auf medizinische Artikel bezogen auf den gesamten Bereich der Biomedizin der nationalen medizinischen Bibliothek der Vereinigten Staaten (National Library of Medicine, NLM). Jedem Eintrag in der PubMed ist eine PubMed-ID (PMID, englisch PubMed identifier) zugeordnet.
Entwickelt wurde die Datenbank durch das nationale Zentrum für biotechnologische Informationen (National Center for Biotechnology Information, NCBI). Sie ist zu erreichen über Entrez Gene, das zentrale Suchsystem für die wichtigsten medizinischen Datenbanken einschließlich PubMed, PubChem, Nukleotid- und Protein-Sequenzen, Protein-Strukturen, komplexe Genome und andere.

pubmed.gov

UniProt

UniProt (universal protein database) ist die größte bioinformatische Datenbank für Proteine aller Lebewesen und Viren, und enthält Informationen über die Proteinfunktion und -struktur sowie Links zu anderen themenrelevanten Datenbanken.

UniProt ist ein Konsortium zwischen dem European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) , dem SIB Swiss Institute of Bioinformatics und der Protein Information Resource (PIR)

EMBL-EBI und SIB produzierten gemeinsam Swiss-Prot und TrEMBL, während PIR die Protein Sequence Database (PIR-PSD) produzierte. Diese beiden Datensätze existierten nebeneinander mit unterschiedlicher Proteinsequenzabdeckung und Annotationsprioritäten. TrEMBL (Translated EMBL Nucleotide Sequence Data Library) wurde ursprünglich erstellt, weil die Sequenzdaten in einem Tempo generiert wurden, das die Fähigkeit von Swiss-Prot, mitzuhalten, überstieg. In der Zwischenzeit pflegte PIR das PIR-PSD und verwandte Datenbanken, darunter iProClass, eine Datenbank mit Proteinsequenzen und kuratierten Familien. Im Jahr 2002 beschlossen die drei Institute, ihre Ressourcen und Fachkenntnisse zu bündeln und gründeten das UniProt-Konsortium.

https://www.uniprot.org/

European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Das European Bioinformatics Institute (EBI; deutsch: Europäisches Institut für Bioinformatik) ist Teil des Europäischen Laboratoriums für Molekularbiologie (EMBL) und ein Zentrum für Forschung und Dienstleistungen auf dem Gebiet der Bioinformatik. Das Institut befindet sich in Hinxton in der Nähe von Cambridge, England.
Das Institut betreibt den Browser QuickGO, mit dem in der Datenbank Gene Ontology gesucht werden kann.

European Bioinformatics Institute

Protein Data Bank

Die PDB wurde 1971 als erste frei zugängliche, digitale Datenquelle in der Biologie eingerichtet und die Rechenzentren werden von der "Research Collaboratory for Structural Bioinformatics" (RCSB PDB) betrieben. Sie stellt PDB-Daten allen Datenkonsumenten kostenlos und ohne Nutzungseinschränkungen (Policies) zur Verfügung.

Worldwide Protein Data Bank

SIB Swiss Institute of Bioinformatics

Das Swiss Institute of Bioinformatics (SIB, französisch Institut suisse de bioinformatique ‚Schweizerisches Institut für Bioinformatik‘) ist ein Zusammenschluss von Bioinformatik-Forschungs- und Dienstleistungsgruppen der wichtigsten Schweizer Hochschulen und renommierter Schweizer Forschungsinstitute. Es ist eine gemeinnützige akademische Stiftung, die die Bioinformatik-Aktivitäten in der gesamten Schweiz bündelt.

Das SIB unterhält mehrere Bio-Datenbanken, darunter Swiss-Prot. Der Expasy-Server mit Spiegeln in mehreren Ländern auf der ganzen Welt ist der Proteinsequenzanalyse und der zweidimensionalen Proteinstruktur gewidmet.

Expasy

Expasy ist eine Online- Bioinformatik- Ressource, die vom SIB Schweizer Institut für Bioinformatik betrieben wird . Es handelt sich um ein erweiterbares und integratives Portal, das Zugriff auf über 160 Datenbanken und Softwaretools bietet und eine Reihe von Bereichen der Biowissenschaften und der klinischen Forschung unterstützt, von Genomik , Proteomik und Strukturbiologie bis hin zu Evolution und Phylogenie , Systembiologie und medizinischer Chemie . Die einzelnen Ressourcen (Datenbanken, webbasierte und herunterladbare Softwaretools) werden dezentral von verschiedenen Gruppen des SIB Schweizer Instituts für Bioinformatik und Partnerinstitutionen gehostet.

ExPASy:

Enzyme nomenclature database

Transporter Classification Database

Die Transporter Classification Database (TCDB) ist die von der International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) anerkannte Klassifizierung für Membrantransport-Proteine.

Human Genome Organisation

Die Human Genome Organisation (HUGO) hatte sich zum Ziel gemacht, das menschliche Erbgut kartografisch vollständig festzuhalten. Die Forschungsarbeit wurde im Rahmen des Humangenomprojekts (Human Genome Project) durchgeführt.

Internetpräsenz der Human Genome Organisation

Online Mendelian Inheritance in Man

Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) ist eine Datenbank, in der Gene des Menschen und deren Mutationen erfasst sind. Erbliche Erkrankungen sind dadurch sehr einfach identifizierbar. Die Datenbank enthält außerdem Informationen über klinische Symptome, Erbgang, Molekulargenetik und wissenschaftliche Publikationen zu diesem Thema. Die Website erlaubt einfache Suche nach Begriffen, aber auch zusammengesetzte Suchen mit Booleschen Operatoren AND, OR und NOT, mehrstufig zusammengesetzten Suchaufträgen und die „geografische“ Angabe der zu durchsuchenden Chromosomenregionen. Auch ein Index ist verfügbar. OMIM gehört – ähnlich wie die Datenbank PubMed – zum National Center for Biotechnology Information (NCBI) der USA. OMIM^® und Online Mendelian Inheritance in Man^® sind eingetragene Marken der Johns Hopkins University.

Online Mendelian Inheritance in Man

Ensembl

Ensembl ist ein Genombrowser für Wirbeltiergenome, der die Forschung in den Bereichen vergleichende Genomik, Evolution, Sequenzvariation und Transkriptionsregulation unterstützt. Ensembl kommentiert Gene, berechnet Mehrfachalignments, prognostiziert regulatorische Funktionen und sammelt Krankheitsdaten. Zu den Ensembl-Tools gehören BLAST, BLAT, BioMart und der Variant Effect Predictor (VEP) für alle unterstützten Arten.

Ensembl hat seinen Sitz im European Bioinformatics Institute des Europäischen Laboratoriums für Molekularbiologie, das sich auf dem Wellcome Genome Campus in Hinxton, südlich der Stadt Cambridge, Großbritannien, befindet.

Ensembl-Seite

MEROPS

MEROPS ist eine frei zugängliche Datenbank, die Informationen über alle bekannten Peptidasen (Proteasen) sowie ihre Inhibitoren enthält. Insbesondere ist sie die Quelle für die MEROPS-Klassifikation dieser Biomoleküle. Der Name bezieht sich auf eine Spezies aus der Familie der Bienenfresser, den Weißstirnspint (Merops bullockoides), der sich in seiner Heimat am Sambesi, ähnlich wie die Peptidasen, in Familien, Clans und isolierte Jagdreviere organisiert.

MEROPS - the Peptidase Database